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世宗嘉靖对于京营还是比较关心的，一直想要寻找一种长效机制，但是无法推持下去。嘉靖六年，明廷始设文臣专督京营军务。当时经廷臣的会推，李承勋被任命为兵部尚书兼都察院左都御史，加太子少保提督团营军务，成为专责提督京营的第一任文官。但是不久停罢，仍恢复此前文官兼职的做法。
嘉靖二十年，刘天和也曾以兵部尚书提督团营军务，专理京营戎政，但是为时不及一年，提督团营军务再次成为兵部兼职。
嘉靖中后期，文官集团还试图强化文武官的合作，来增加京营的战斗能力——这可不容易，是有原因的。原因就在于嘉靖二十九年庚戌之变发生，俺答大军围困京师，京兵怯懦不敢应战，遇敌辄溃，充分暴露了京兵腐败不堪的弊病。
于是在时任首辅严嵩、吏部侍郎王邦瑞等人的建言下，明廷废除团营、东西两官厅制，重新恢复三大营制，在京诸卫军，俱分隶于三营。
在京营的管理上，也随之停止了宦官担任提督、监铳官的做法，设置戎政府机构。戎政府长官称为总督京营戎政，由武官担任，给关防之印。副职称为赞理军务（后改称协理戎政），由兵部或监察院长官选充，不给关防之印。
而隆庆帝即位后，文官对京营的控制则由集中走向分散。隆庆四年，大学士赵贞吉奏疏，极言戎政官独揽大权之害。经兵部条议，革除总督戎政一职，三大营每营各设总兵官、副将。三总兵各给关防之印，仍由武官选充。协理戎政一职，改从兵部、监察院中选拔文官三人担任，仍称提督。
但这样一来，相当于明廷为防范京营集权之弊走向了另一极端，出现了六名提督共理京营戎政的局面，权责过于分散，互不为政成为京营管理突出的困境。
“自设六提督后，各持意见，遇事旬月不决。”
这当然不行，所以赵贞吉一致仕，高拱立刻就废除了这个自缚手脚的制度，仍恢复总督、协理戎政各一员。
