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1999年，樊嘉以高级访问学者身份，赴美国匹兹堡大学移植中心，从事肝移植及肝脏外科临床研究。
2005年，樊嘉入选“上海市医学领军人才培养计划”及“上海市百名领军人才培养计划”。
2013年，樊嘉担任复旦大学附属中山医院院长、肝外科主任、复旦大学器官移植中心副主任、复旦大学上海医学院肿瘤学系副主任、上海市肝肿瘤临床医学中心副主任。
2016年，樊嘉获得何梁何利基金科学与技术进步奖。
同年11月，樊嘉获得第九届谈家桢生命科学临床医学奖。
2017年，樊嘉当选中国科学院院士，隶属于生命科学和医学学部。
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2019年2月16日，樊嘉院士名医工作室，在复旦中山厦门医院揭牌成立。
2023年11月，樊嘉不再兼任复旦中山厦门医院院长职务，任复旦中山厦门医院名誉院长。
从业之路解码