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1998年6月—2004年11月间，程和平担任美国国家卫生研究院老年研究所研究员。
1998年6月—2004年12月间，程和平担任北京大学生物膜与膜生物工程国家重点实验室客座研究员。
2000年，程和平获聘教育部长江学者奖励计划特聘教授。
2002年，程和平辞去美国国家卫生研究院高级研究员的终身职位，正式全职回国。
2005年1月，程和平担任北京大学分子医学研究所教授。
2007年-2012年间，程和平担任首席科学家。
2013年，程和平担任973项目“线粒体功能障碍致早期心衰机制及干预策略研究”首席科学家。
2013年，程和平放弃美国籍、恢复中国籍，并当选为中国科学院院士。
2019年，程和平被聘为中国医学科学院学部委员。
2020年12月，程和平担任北京大学国家生物医学成像科学中心主任。